细菌
无论是以地表水还是地下水为水源，自来水中的细菌、大肠杆菌可以说是无处不在。
水是微生物广泛分布的天然环境，无论是地表水还是地下水，甚至雨水或雪水，都含有多种微生物。
水中含有细菌总数与水污染状况有一定的关系，但是不能直接说明是否有病原微生物存在。粪便污染指示菌一般是指如有该指示菌存在于水体中，即表示水体曾有过粪便污染，也就有可能存在肠道病原微生物。那么该水质在卫生学上是不安全的。